O mangá e o anime dos Cavaleiros do Zodíaco não são completamente iguais. Além das partes que não existem em mangá ou em anime, como Asegard e Hades, ainda existem pequenas diferenças em relação à história. Geralmente quando acontece de um mangá japonês virar anime, há algumas diferenças entre os dois.

       Talvez a principal mudança, e que a maioria dos fãs detestou, foi que, no anime, Seiya é o personagem mais importante de todos. Nos quatro filmes, esse fato é bem constatado. No mangá, Seiya continua sendo o protagonista, já que é o título original, mas todos os cinco Cavaleiros de Bronze são os principais.

Batalha Galáctica
      Nesta parte não existem diferenças importantes entre um e o outro, exceto que no mangá, é enviada a Hyoga uma carta do Santuário, que o ordena a matar os demais Cavaleiros de Bronze, mas Hyoga muda de opinião após o combate entre Pégasus e Dragão.

Ikki e os Cavaleiros Negros
       Anime: O Cisne Negro envia a Ikki o emblema do cisne do capacete de sua Armadura, onde tinha depositado os conhecimentos das técnicas de Hyoga.
       Mangá: Ele o envia seu olho direito. No mangá existem dois Dragões Negros (eram gêmeos); no anime só existe um.

Recordações de Ikki sobre a Ilha da Rainha da Morte
       Anime: Ikki mata o Cavaleiro do Diabo e obtém a Armadura de Fênix.
       Mangá: Ikki, depois de matar seu mestre, tem que enfrentar mais quatro Cavaleiros Negros, entre os quais se encontra Jango (Posteriormente, no anime, Jango enfrenta Ikki quando este regressa à Ilha da Rainha da Morte.).

Cavaleiro de Cristal, Dócrates, Geist e seus Cavaleiros aquáticos, Spartan, Cavaleiros de Aço, Tarântula, Okho, Reda e Spica
       Nenhum destes personagens aparece no mangá, e portanto nehuma das batalhas contra eles. O mestre de Hyoga é Camus de Aquário no mangá.

Cavaleiros de Prata
       Anime: Quando Seiya se encontra dando um passeio com Miho pela praia, é atacado por Misty. Logo Marin o ataca e o golpeia. Então Seiya enfrenta Misty e o derrota, depois enfrenta Mouses e Marin derrota Asterion. No Coliseu, Tatsumi diz aos Cavaleiros o segredo de Saori, logo enfrentam Babel e chegam os Cavaleiros de Aço para ajudá-los. Então decidem ir ao Santuário, mas o avião onde viajavam Seiya, Shiryu e Shun foi derrubado por Spartan, quem enfrentam, junto com Argol e Shina. Shiryu fica cego para derrotar Argol e salvar Seiya e Shun. Depois Saori é raptada por Jamian, Seiya o persegue e salva Saori, após isso aparecem Dante e Capella, e também chega Ikki, que mata Capella, salva Shun e derrota Dante. Então, Ikki regressa à Ilha da Rainha da Morte e enfrenta Jango. Shiryu, que está na China, enfrenta um velho rival, Okho. Seiya viaja a Jamiel para pedir a Mu que cure os olhos de Shiryu e enfrenta outro Cavaleiro de Prata: Aracne de Tarântula.
       Mangá: Mu teletransporta os Cavaleiros de Bronze a lugares diferentes; envia Seiya a uma praia onde enfrenta Misty, então aparece Marin, que golpeia o peito de Seiya. Depois aparecem mais três Cavaleiros de Prata, cuja missão é enfrentar Shiryu, Hyoga e Shun, e de esta maneira, Moisés luta com Shiryu, Asterion, com Shun e Hyoga, com Babel. Logo depois que Babel é derrotado, Misty enfrenta Seiya. Após isso, Moisés e Asterion deixam seus oponentes, regressam à praia e vêem Misty morto. Moisés e Asterion atacam Marin e a prendem. Então chega Seiya e mata Moisés, Marin se liberta e mata Asterion. Os Cavaleiros de Bronze voltam ao Coliseu para se encontrarem com Saori, ela lhes diz que é a reencarnação da deusa Athena (nesse momento seu cosmo havia despertado), mas eles não acreditam nela e vão embora. Então aparece Jamian, Ikki regressa e enfrenta Capella, quem mata, e uns minutos antes de Hyoga, Shiryu e Shun chegarem, Ikki vai embora. Depois Ikki vai a uma ilha do Mediterrâneo para se recuperar de suas feridas. Shun enfrenta Dante e Shiryu cega a si mesmo para derrotar Argol.

Cavaleiros de Ouro (Aioria e Máscara da Morte) e os da Ilha de Andrômeda
       Nesta parte da história o mangá e o anime são similares, exceto que no mangá June de Camaleão foi sozinha impedir que Shun viajasse ao Santuário, não aparecem nem Reda nem Spica. E também, no mangá, o mestre de Shun é Daidalos de Cefeu, e não Albior de Cefeu, aparentemente não a mesma pessoa.

Santuário
       Anime: Ikki enfrenta dois discípulos de Shaka antes de lutar com ele; na Casa de Sagitário, Seiya, Shun, Hyoga e Shiryu têm que passar por obstáculos para pasar pela Casa.
       Mangá: Shaka não tem discípulos, Ikki volta direto do vulcão da ilha para salvar Shun. Na Casa de Sagitário não existem obstáculos, só está o testamento de Aioros.

Os Guerreiros do Gelo
       Esta historia só apareceu no mangá, não existe anime dela nem filme correspondente ao final do volume 13 dos mangás. A história deste mangá é parecida com a de Asegard, mas somente com Hyoga.

Asegard
       A parte de Asegard só existe no anime, nunca foi feito mangá da história dos Guerreiros deuses da mitologia escandinava.

Poseidon
       Anime: Uma vez terminada a batalha em Asegard e Hilda sido libertada do poder maligno do anel Nibelungo, Saori desaparece nas ondas do mar, mais tarde desperta no Templo de Poseidon e reconhece Poseidon, que se chama Julian Solo e quem Saori havia conhecido em uma festa.
       Mangá: Como não existe Asegard nos mangás, o começo da história é totalmente diferente. Saori é convidada à festa de aniversário de Julian, na Grécia. Julian, ao vê-la, fica impressionado e lhe propõe que se case com ele, mas ela recusa. Nessa mesma noite, Saori é raptada de seu quarto, mas felizmente Aioria a salva. Por esse tempo, Julian encontra o tridente de Poseidon, uma jovem mulher lhe diz que ele é a reencarnação do deus Poseidon, e depois o leva ao Santuário do Mar. Então, Tetis (a jovem) viaja ao Oriente junto com alguns guerreiros e sequestram novamente Saori. Seiya chega e os derrota, mas Tetis escapa com Saori. Seiya e seus amigos ficam hospitalizados. Aldebaran chega para proteger Saori, aí Sorrento chega e enfrenta Aldebaran, e com sua sinfonia obriga Aldebaran a ir embora. Sorrento regressa ao Santuário do Mar junto com Saori e o capacete de Aldebaran. Julian e Saori se reconhecem um ao outro e Julian lhe conta seus planos, porém Saori não está de acordo e Poseidon a tranca no Suporte Principal. Tetis viaja aos Cinco Picos Antigos para enfrentar o Mestre Ancião e os Cavaleiros de Ouro, mas os quatro Cavaleiros de Bronze aparecem; Tetis escapa, mas os Cavaleiros de Bronze, junto com Kiki, a perseguem até o Santuário do Mar. Aqui se inicia a batalha contra os Generais Marinas. No Santuário, os Cavaleiros de Ouro planejam ajudar os Cavaleiros de Bronze, mas o Mestre Ancião os proíbe (a razão pela qual o Mestre Ancião proibiu os Cavaleiros de Ouro de abandonar o Santuário é explicada nos mangás de Hades).

Hades
       Até onde sabemos, ainda não foi feito um anime de Hades. Hades é o deus da morte que foi renascido para tomar a vida de Athena. Hades é a mais surpreendente e incrível história de toda a saga dos Cavaleiros, já que é quando todos os Cavaleiros chegam ao seu máximo nível ao enfrentar o deus do país dos mortos. Os fãs ainda não perderam a esperança de ver esta história em animação.